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登記服務櫃檯可使用悠遊卡繳納規費(單筆規費不超過新臺幣1萬元且無法繳納罰鍰費用)、信用卡或使用智慧支付網站(https://pay.taipei)、台北通APP，繳納申辦費用後，即可完成繳費動作。
另民眾可進入本處公司(商業)登記主題網選擇公司、商業及有限合夥一站式作業及線上繳費點選要申請繳費方式，填寫相關資料並列印申請書，透過手機下載臺北市政府智慧支付平臺App及使用您較常使用之如歐付寶、橘子支付、台北富邦銀行、ezPay簡單付、停車大聲公、街口支付、嗶嗶繳……等支付業者之智慧支付平臺，掃描申請書上的QRCode或選擇臺北市商業處規費輸入key值查詢代繳費用進行繳費，繳費後即時銷帳。使用第三方支付繳納登記規費免收手續費；繳納罰鍰須由繳款人自行支付手續費2元。

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